La Facultades EST tiene como misión promover investigación con excelencia académica, buscando su socialización y la capacitación de profesionales que actúen orientados por principios éticos, de solidaridad y dignidad humana.
La Facultades EST es referencia en investigación teológica en Brasil y en América Latina. Su programa de posgrado fue evaluado por el cuarto trienio consecutivo como programa de excelencia internacional por la CAPES (Coordinación de Perfeccionamiento de Personal de Nivel Superior). Cuenta con grupos de investigación que incluyen docentes y estudiantes de grado y posgrado.
Los proyectos de investigación están relacionados a los grupos de investigación y al programa de posgrado y reciben apoyo de la propia institución (PEIC – Proyecto facultades EST de Iniciación Científica) y de órganos de auxilio a la investigación (CNPq – Consejo Nacional de Investigación - y CAPES) en forma de becas. También son desarrollados proyectos de investigación con el apoyo de iglesias, órganos eclesiásticos e instituciones de investigación nacionales e internacionales.
La Facultades EST desarrolla proyectos de investigación con otras Instituciones de Enseñanza Superior (IES) en el país y en el exterior, promoviendo la participación de docentes y estudiantes en eventos y fórums nacionales e internacionales, buscando la integración con otras academias.