O Programa de Pós-Graduação da Faculdades EST tem a tarefa específica de fomentar a Pós-Graduação em Teologia. Oferece cursos de Mestrado, Doutorado em Teologia e Mestrado Profissional, bem como cursos de Especialização (Lato Sensu).
Os cursos oferecidos pelo Programa são reconhecidos pelo Parecer nº 33/2008 da Câmara de Educação Superior do Conselho Nacional de Educação e homologados pelo Ministro de Estado da Educação pela Portaria nº 524/2008, publicada no DOU de 30 de abril de 2008 (p. 21 e 36).
Os PPGs-EST contam com um Conselho Ecumênico constituído por representantes de igrejas e associações religiosas que, em caráter consultivo, ou deliberativo e decisório por delegação do Conselho de Administração assume função de fomento da pós-graduação em teologia. O Conselho Ecumênico, formado pelas igrejas e associações nele representadas: Igreja Metodista, Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil, Igreja Presbiteriana Independente do Brasil, Igreja Presbiteriana Unida do Brasil, Igreja Adventista do Sétimo Dia, Igreja Episcopal Anglicana do Brasil e Igreja Evangélica Luterana do Brasil.
Em sua última avaliação pela CAPES em 2007, o Mestrado e Doutorado Acadêmicos mantiveram a nota 7, em uma escala de 1 a 7, do triênio anterior, enquanto o Mestrado Profissionalizante obteve a nota 4, de uma escala de 1 a 5.
