A Faculdades EST tem como missão promover pesquisa com excelência acadêmica visando à socialização das mesmas e à capacitação de profissionais que atuem sob princípios éticos, de solidariedade e dignidade humana.

A Faculdades EST é referência na pesquisa teológica no Brasil e na América Latina, tendo seu programa de pós-graduação alcançado a nota máxima pela CAPES. Conta com grupos de pesquisa que envolvem docentes e estudantes de graduação e pós-graduação.

Os projetos de pesquisa estão vinculados aos grupos de pesquisa e ao programa de pós-graduação e são apoiados com bolsas da própria instituição (PEIC - Projeto Faculdades EST de Iniciação Científica) e órgãos públicos de fomento à pesquisa (FAPERGS, CNPq e CAPES). Também são desenvolvidos projetos de pesquisa respaldados por igrejas e organismos eclesiásticos e instituições de pesquisa nacionais e internacionais.

A Faculdades EST desenvolve projetos de pesquisas com outras Instituições de Ensino Superior (IES) no país e no exterior, fomentando a participação de docentes e estudantes em eventos científicos e fóruns nacionais e internacionais, buscando integração com outras academias.